有效的医院绩效考核系统一般体现在四个方面：第一，医院绩效考核系统设计能够完全体现医院的目标；第二，医院绩效考核系统能够准确衡量医院、科室、职工的业绩，并支持绩效工资发放；第三，医院绩效考核系统能够全面引导科室建设；第四，医院绩效考核系统能够有效激励干部和职工，并促进他们的职业成长。有效的医院绩效考核系统需要五个方面的支持：
一、医院和管理人员的支持
医院领导层对绩效考核系统的支持是必不可少的，否则，有可能在绩效考核系统实施的过程中遭遇方方面面的阻力，从而对项目造成重大影响。医院各级管理干部是绩效考核系统的主要用户。绩效考核系统所需的诸多原始信息都来自于医院各级管理干部。有了医院各级管理干部的大力支持，绩效考核系统的数据将会更全面、更丰富、更有价值。
二、良好的管理基础
医院绩效管理系统需要从医院各主要业务和流程中提取。管理基础良好的医院一方面表现在业务流程简介、合理、高效，可以为医院绩效管理系统提供全面、准确的数据源；另一方面表现在医院各级管理者的职业素养较高，能够轻松理解和操作医院绩效管理系统。
三、有力的技术支持
医院绩效管理系统是一个比较庞大的系统，需要从HIS、PACS、LIS等系统中提取有关数据，并进行汇总、整理、计算。对医院绩效管理系统服务商来说，需要具备专业的技术支持能力，对技术人员不仅需要其专业技术水平较高，还要求其应该医院业务流程比较熟悉。
四、科学的指标体系
指标体系设计不管是针对医院层面的，还是针对科室层面的，我们都可以通过采用平衡记分卡的模式来设计。平衡记分卡模式为我们给医院设计指标体系建立了科学的框架，每个指标的设计，都必须要能反应出带给医院、科室长期和短期的价值。
五、有效交流和定期跟踪
医院绩效考核系统要能够切实发挥作用，医院全体干部和职工必须透彻理解本系统，科室和绩效管理部门的互动需要常态化，各级管理者与下属的互动需要常态化。医院领导和绩效管理部门要定期跟踪科室的绩效情况，分析与往年同比和近期同比的情况，科室结果如果未达预期，积极采取措施进行干预。
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